《深埋心中的秘密》內容分為兩部分。第一部分是敘述文章作者如何帶林清祥與李光耀認識的經過，這是半個多世紀前不為人知的一段絕密往事；長文《地下航線解密》，披露當年馬共通過地下航線將新加坡重要干部安全撤到印尼之始末，娓娓道來，引人入勝；另有已故學長之回憶文章，當年馬共中央評論人民行動黨在大選中勝利的檔案文件全文刊載，以及本地評論員對李光耀之“淺評”等等。
此書第二部分是回憶上個世紀四、五十年代，為了爭取祖國獨立，抗英游擊隊在檳島山區與英殖民軍警戰斗周旋的艱苦歲月，有關作者都是當年游擊隊的負責人，他們親身經歷的記錄，是第一手資料。此外，這個部分也登載了第八支隊刊物《鐵的隊伍》第25期（1954年）的一篇通訊，反映了當年廣為流傳的“檳島石洞戰斗”的場景。
